也就在八条景定于关东八国不断开疆拓土、积蓄实力的同时，时任征夷大将军的足利义辉却刚好与之相反。
京畿诸国的局势仍然纷乱不堪，丝毫没有向平稳的方向过渡。
一手颠覆足利将军家根基，并且将幕府的权柄牢牢控制在自己手中的管领细川政元在突然遭到暗杀身亡后，他的三个养子细川澄之、细川澄元、细川高国为了争夺京兆细川家的家督之位互相攻伐，将京兆细川家两百余年积攒下来的基业和元气全部败光，将幕府最后一根稻草摇摆在战国之世的狂风暴雨之中。
最为讽刺的是，细川澄之、细川澄元、细川高国三人相互攻伐了长达三十余年之久，最终没有其中一人得以胜出，更没有一人能继承其养父细川政元的衣钵，笑到最后。
这三人反而是先后以一个失败者的身份暗然下场。取而代之的，反而是曾经差点死于乱军之中的后起之秀——三好长庆。
当时更没有人能料到，三好长庆这个曾经名不见经传的阿波武将不单单能将京兆细川家扫进垃圾堆，更能在局势纷乱的京畿诸国之中闯荡出一片天地来。
对于细川晴元来说，他许可三好长庆除去风头正盛、羽翼渐丰的木泽长政本来就是为了进一步巩固京兆细川家在京畿诸国的统治，以及维护幕府的安定。
然而，在木泽长政死后，细川晴元的梦想却并没有得以实现，反而京畿诸国的局势是进一步恶化。
原先三好长庆、三好政长（三好宗三）、木泽长政三人在京畿诸国互相牵制，可随着木泽长政的败亡之后，这样的平衡被完全打破了。三好长庆与三好政长的矛盾也随之愈演愈烈，根本无法调和。
对于三好长庆来说，最大的仇敌就是木泽长政和三好政长二人。后者作为同族之人却倒戈相向，在三好元长死后更是获得了不少三好元长的遗领，因此更加可恨。
天文八年夏季，三好长庆就向足利义晴、细川晴元提出三好政长应当归还三好元长的遗领。但是细川晴元也不傻，他非常清楚利用矛盾来维持制衡各方势力的重要性。三好政长的存在就是细川晴元用于防范三好长庆的，若是三好长庆羽翼渐丰，对京兆细川家产生威胁的话，自己还能有三好政长从旁协助、引以为援。
故而，细川晴元始终对三好长庆所提出的要求完全是在装聋作哑，不作任何回复。
当然，三好长庆以及其背后的三好总领家也不是轻易的向足利义晴、细川晴元提出这个要求的，也对细川晴元装聋作哑的样子早有准备，但是细川晴元毕竟还是三好长庆名义上的主君，表面功夫还是要做一些的。
之后，三好长庆就选择直接与三好政长进行了小规模交战，并且对外宣称若是幕府和京兆细川家对自己的提议置之不理的话，那么自己就只好与三好政长刀兵相见了。
如此一来，三好长庆的举动完全出乎了幕府和京兆细川家的意料。
尤其是足利义晴，为了避免自己再一次因京畿诸国爆发战火后被迫离开御所，只好派使者前去六角家，请六角定赖前去规劝三好长庆不要轻举妄动。
三好长庆见自己的要求已经‘上达天听’后就决定先给足利义晴一个面子，暂时与三好政长罢兵言和。
经此事后，细川晴元已经意识到三好长庆已经不再是初生牛犊了，三好总领家的实力也远超他的想象，根本无法像曾经那样用对付三好元长的办法来对付三好长庆了。
而三好长庆也意识到自己并不能重蹈亡父三好元长的覆辙，于是趁着停战的这段时间里迅速拉帮结派，以免三好总领家被再次孤立。
最为重要的是，三好长庆迎娶了丹波国有力国人领主波多野稙通之女，与波多野稙通结为了翁婿关系。而且三好长庆也因此拉拢了众多丹波的国人领主至自己一方，用于牵制细川晴元、三好政长一方有着极为巨大的帮助。
之后，三好长庆还以越水城为自己的新本据。越水城虽然表面上原理山城国，实际上却邻近濑户内海，还能随时得到阿波、澹路等地的己方势力支援。
其实，乐于见到木泽长政败亡的不单单只有细川晴元和三好长庆，还有细川高国的养子细川氏纲。
天文十二年，七月。细川氏纲就趁着木泽长政败亡后不久，就纠集了大量浪人、细川高国一方旧部，以及京畿诸国之中反细川晴元一方的各方势力，就连本愿寺方面，他都送去了邀请，打算趁此机会一举击败细川晴元一方。只是本愿寺不愿再次介入京畿诸国的纷乱，直接拒绝了细川氏纲的邀请。
细川晴元虽然想铲除三好长庆，但是在细川氏纲揭竿而起，意图夺取京兆细川家家督之位后，他又不得不重用三好长庆。因为眼下，京兆细川家急需三好长庆来填补木泽长政的空缺。
然而，细川氏纲一方虽然表面上处于劣势，但是其生命力却异常强大，而且细川氏纲一方的武将皆分散在京畿诸国的各地，细川晴元一方难以一举将其歼灭。
因此，细川晴元一方与细川氏纲一方的交战一直持续了三年左右，完全没有任何的进展。
也就在双方陷入胶着的同时，先前出卖了木泽长政的游左长教却突然一改保持中立的态度，正式与细川氏纲联起手来。不仅如此，就连先前曾经支持细川晴元的摄津国人领主们也都在游左长教的影响下纷纷倒向了细川氏纲，甚至连足利义晴都按照与细川氏纲进行联系，意图借细川氏纲之刀诛灭架空幕府的细川晴元。
在天文十六年七月的舍利寺之战后，细川晴元便打算斩断细川氏纲的一大臂膀，便安排三好长庆去与其进行接触。可他万万没有想到的是，此举最终会葬送了京兆细川家的霸业。
游左长教可是一个非常识时务的人，见舍利寺之战后细川氏纲一方惨败，便乐于倒向细川晴元一方，并且在得知三好长庆的正室在前不久逝世后，便主动将自己的女儿许配给三好长庆作为继室，两家正式结为同盟。
然后，更令细川晴元意想不到的是，三好长庆、游左长教二人在天文十七年纷纷倒向细川氏纲一方，并且迅速攻打隶属于细川晴元一方的武将。
到了天文十八年，双方在江口一带展开交锋，三好长庆将三好政长所部一网打尽，最终迫使三好政长在逃往时溺毙，细川晴元一方被讨取八百余人。细川晴元本人见战局无力回天后只好逃回京都进行死守。就连原先准备策应细川晴元的两万余六角军也在伪报（得到细川晴元被讨取的误报）下撤回了近江，使得三好长庆获得了全面胜利。
在江口之战获得大胜的三好长庆于天文十八年八月进入京都，但他所看到的却是将军远逃和群龙无首的京都。
对于足利义晴来说，细川氏纲与三好长庆无疑是在犯上作乱，导致自己再一次被逐出京都的罪魁祸首。而细川晴元也与足利义晴是一条绳上的蚂蚱，根本没有铲除的必要了。
可足利义晴与细川氏纲、三好长庆等人僵持到天文十九年五月，仍然没能再次回到京都，反而病逝于坂本，将自己未尽的事业全都留给了自己的长子足利义藤（足利义辉）。
而此刻的六角义贤想从京畿诸国的纷乱之中抽身而退，便擅自代细川晴元向细川氏纲、三好长庆一方进行议和，并且开出了极为有利于他们的条件：一、细川晴元长子聪明丸由三好长庆担任后见役抚养成人，之后继任管领职；二、在细川聪明丸元服之前，由细川氏纲继任管领、京兆细川家家督、细川家一门总领等职；足利义藤返回京都。
面对六角义贤所开出的这些条件，细川氏纲和三好长庆二人自然是求之不得，双方很快就一拍即合。而细川晴元也只好被迫接受这些条件，因为他此刻已经完全没有任何选择的余地，只能将自己的长子聪明丸送至三好长庆的本据越水城。
但是，细川晴元也不就此屈服，趁着细川氏纲、三好长庆等人不备，直接逃往丹波国，并且依靠丹波国内的己方国人领主继续对细川氏纲、三好长庆一方进行顽强抗击。
而足利义辉也与细川晴元联起手来，一同调略细川氏纲、三好长庆一方的国人领主，使得三好长庆一度焦头烂额，不知所措。
光是得到邻近国人领主、大名的支持是不够的，若想重振幕府雄威，足利义辉很快就想到了已经占据东国十四国之地的上杉家。并派遣幕臣石谷光政出使越后府中，希望能得到上杉家的声援，迫使三好长庆不敢再继续嚣张跋扈。
当然，足利义辉也不是白白让上杉家来支持自己的。他一方面许可上杉家当主上杉政虎拜领自己的偏讳，另一方面还将自己珍藏的宝刀备前长船兼光赏赐给上杉政虎的‘养子’上杉虎千代，还许可八条景定担任常陆守护职。
不仅如此，足利义辉也同意了尹达晴宗的请求，授予八条景定庶长子那须太郎白伞袋、屋形号、朱柄伞三样免许。因为在足利义辉看来，只有让上杉家内部不稳，诸子争权，才能让幕府继续稳坐天下共主的位置，以防东国出现上杉家一家独大的局面。
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