就在上杉政虎歼灭佐渡一向一揆众的四千五百余军势后，趁胜迫降固守在杂太城的本间总领家，使得为祸一方的佐渡一向一揆众被悉数平定。这时，仍然没有降服的就只有据守在久知城的久知正泰和久知泰时父子二人了。
如今久知正泰与其子久知泰时蜷缩在久知城这一隅之地避难，显得非常的落魄。
然而越后上杉军军势盛众，抱着必定灭亡久知本间家的决心气势汹汹袭来，久知本间家的灭亡，几乎只在咫尺之间。
天文十五年，九月十五日。上杉政虎率一万余大军攻入加茂郡（贺茂郡），久知正泰惊恐万分，他自知越后上杉军兵强马壮，久知本间家将难以匹敌，急忙派遣使者前去与自己长期交好的河原田贞兼处，乞求透过他来向越后上杉军投降。
然而，河原田贞兼可不想被上杉政虎怀疑勾结佐渡一向一揆、本间总领家、久知本间家等敌对势力，立即斩了久知正泰的使者，不作出任何答复。
而困守在久知城的久知正泰迟迟得不到河原田贞兼的答复后，只知无法得到越后上杉家的宽恕，便以麾下仅存的最后的两百余军势，主动出城于天王川一带与越后上杉军的先阵长尾景信部进行交战。
结果，久知本间军毫无疑问地寡不敌众而大败，久知正泰和久知泰时仅率十余人逃回久知城中进行固守。长尾景信趁着大胜顺利攻破久知城二之丸的大手门，并且对久知城本丸攀牒猛攻，杀伐声不断。
坐困愁城的久知正泰登上箭橹，凭栏眺望，最后望了一眼佐渡加茂郡的土地，在这片土地上，他曾经为之奋斗，为之防守，交兵泻上，抗斗上杉，如今皆已化为风烟，成为过去。久知正泰与其子久知泰时回到本丸的寝殿里，拿出早就准备好的短刀，切腹自尽。在室外喧扰的交战声之中，久知城亦宣告陷落。
而向杂太郡北方金北山逃去的下尾佐渡守，在途径河原田本间领时，被河原田本间家家臣赤塚直宗所搜出并斩首，其首级也随后送至越后上杉军新本阵所在地的杂太城。
之后，上杉政虎便对佐渡三郡领地划分的做出了这样的安排：
羽茂高信领有羽茂郡羽茂城一千石知行地，原先旗下羽茂本间六人众领地全部没收；
河原田贞兼由于先前对蓼沼右京亮、羽茂高信等越后上杉家一方诸将见死不救，拒不发兵救援，导致蓼沼右京亮阵亡，故而减封原先所领有中原、石田、片贝、二宫、一谷、青野、洼田、真光寺、泽崎、神田、永野等地，领有河原田城周边五百石知行地；
泻上秀敏先前主动加势蓼沼右京亮所部，以及此次佐渡征伐之中表现活跃，故而从原领加茂郡泻上城八百石知行地转封至越后蒲原郡加茂要害城，领两千石知行地；
原河原田本间家家臣赤塚直宗讨取为祸佐渡三郡已久的一向一揆首领下尾佐渡守，因功受封越后蒲原郡燕馆五百石知行地；
旗本众山田长秀受封加茂郡久知城一千石知行地，担任两津凑凑奉行、加茂郡郡代；
枥尾众大河户忠繁受封原河原田本间家旧领杂太郡泽根城，领两千五百石知行地；
枥尾众渡边纲景受封羽茂郡赤泊城，领三千石知行地，担任羽茂郡郡代；
旗本众、横目（负责监察）金津义旧（正室为上杉政虎乳母）从越后蒲原郡金津城两千石知行地转封至杂太郡杂太城，领一万石知行地，担任杂太郡郡代、佐渡三郡寺社奉行；
直江津奉行众竹村彦右卫门受封羽茂郡小木馆，领五百石知行地，担任羽茂郡的小木凑和赤泊凑两地凑奉行；
直江津奉行众山田喜右卫门受封杂太郡相川馆，领五百石知行地，担任大须银山、鹤子银山（佐渡国最大的银山）、三川砂金山、相川金山（佐渡国最大的金山）等地奉行，负责大规模开采佐渡三郡的金山、银山；
北方馆馆主主北方满繁、梅津城城主梅津真茂、谷塚城城主谷塚高纳、二方泻馆馆主土屋照邦、新穂馆馆主新穂和泉守、羽黒城城主羽黑真经、加茂城城主加茂真清、歌代城城主歌代真正等佐渡三郡诸将则是本领安堵，但同时皆要写下誓书和交出人质。
至此，佐渡三郡在上杉政虎的亲自出阵下完全平定。加上此次攻灭了佐渡本间四天王中的久知本间家和杂太本间总领家，再加上对佐渡本间四天王另外两家的羽茂本间家和河原田本间家进行减封，使得越后上杉家获得了佐渡三郡中绝大部分的领地，而其余的国人领主、地头武士们领地皆是一些不足一百石、五十石的小领主，根本掀不起什么大浪了。
此次越后上杉家对佐渡征伐中收获最大的还是将大须银山、鹤子银山、三川砂金山、相川金山、小木凑、赤泊凑等金山、银山、港口全部收为直辖，如此一来皆成为了越后上杉家的重要财源。
待越后上杉军在佐渡三郡之中破却了绝大部分城池兵砦后，上杉政虎便率军返回了越后。而景定也因功获封刈羽郡与颈城郡交界处的旗持城一带八千五百石知行地，以及刈羽郡安田乡（安田毛利家旧领）七千五百石知行地。
与此同时的关东八国也并不太平。尽管北条氏康攻灭了宿敌扇谷上杉家，又将山内上杉家打得衰残，并且权威开始逐渐凌驾于古河公方之上，俨然成为了关东八国的霸主一般。
然而割据房总半岛的大名里见义尧却在此时对从属于北条家的大名下总千叶家的领地展开了侵攻。在里见义尧凌厉的攻势和调略之下，千叶家的一门众椎崎家、臼井家都纷纷倒向了里见家。
无法坐视不管的北条氏康就只能发兵攻向里见家位于上总的本据佐贯城，意图围魏救赵，同时还能攻打不愿臣从北条家的国人领主和地头武士们。
就在北条军即将攻落佐贯城之时，先前逃亡到上野的扇谷上杉家旧臣们在上杉宪政的支援下由太田资正率领重返武藏，夺回了被北条家占据的松山城。
北条氏康在得到松山城被太田资正所攻占后，当即下令从佐贯城退兵，而里见家的危机也因此得免。
就在北条军前脚撤离上总之时，一直立场倾向于北条家的武藏岩付城城主太田资显病逝，由于他生前没有留下子嗣，导致了岩付城处在空虚无主的状态之中。
趁着太田资显才病逝后不久，太田资正当即于松山城宣布自领太田家一门总领职、岩付城城主，并且发兵迅速夺取了已是无主之地的岩付城，并且以岩付城作为自己的新本据，同时命同为扇谷上杉家旧臣的上田朝直为松山城城主，负责镇守松山城。
在太田资正的经略之下，扇谷上杉家旧臣作为一股不可忽视的势力在关东复活了，同时还夺取了武藏的松山城和岩付城两座重镇要地。
当然，北条氏康自然是对此无法继续容忍下去的，随即发兵同时攻打岩付城和松山城两地。
可松山城城主上田朝直自知不敌实力强大的北条家，根本不敢做出任何抵抗，当即选择了开城投降，从属了北条家。而太田资正则是在岩付城坚守了一年多后才被迫臣服北条家。