伴随着第五使徒的毁灭，NERV总部的危机暂时被解除了。对于大多数人来说，他们很快就恢复了原本平静正常的生活。
但是对于赤木律子等人来说可就不是这样了，在那天之后，赤木律子就几乎废寝忘食，想要搞清楚，当时挡住了第五使徒那一击的究竟是什么！！
那不是AT力场，也不像是任何目前已知的科学手段能够解释的现象，甚至在对当时的观测数据进行了一次又一次的解析之后，赤木律子只能够得出一个让她自己都不相信的结论———那就是在那个神秘的蓝色光盾出现的时候，四周的一切物质仿佛都停止了变化，就好像强行被人为的凝固了一样，形成了某种无法被解析的神秘构造。
而在这种构造下，别说是第五使徒的那次攻击了，就是把那攻击威力叠加十倍都不可能摧毁这面防护屏障！
这一点儿都不科学啊！那股神秘的能量来源在哪儿？它是如何进行作用的？为什么无法被观测到？
赤木律子百思不得其解，技术部的人更是头发都快掉光了也没找出原因所在。至于绫波丽自然也被留在了总部，进行各种各样的调查和身体检查。不过结果也没有太大变化，毕竟当时的绫波丽所做的事情全部都有记录，至少从表面来看，绫波丽并没有做什么特别奇怪的事情，EVA的操纵记录也很正常………
目前绫波丽还被留在总部接受调查，不过方正并不担心她的安全。毕竟方正可是给绫波丽身上施加了安全防护的，如果那些白痴真的蠢到敢伤害绫波丽，那么方正大不了直接撕破脸皮弄死他们罢了。
区区一个NERV罢了，就是把这个世界的所有战斗力加起来，都比不上方正一根手指，目前方正之所以选择从暗中推动，只是因为这样比较容易建立后时代的秩序。毕竟如果能够彻底扫除SEELE和NERV的话，那么接下来这个世界的地球依旧可以按照自己的方向慢慢发展，简单来说就是善后比较方便。
但是如果让方正直接出手的话，就意味着天道宫的全面干涉，就好像外星人试图统治地球一样………多少善后会有些麻烦就是了。
简单来说就是，目前方正只想要解决目前这个世界的危机，但是不希望给他们搞售后。
但是如果NERV作死的话，那么方正不介意连售后服务一起给他们搞了。
也正因为如此，在赤木律子在总部对着绫波丽和一堆无法言明的数据苦恼之时，方正已经带着碇真嗣连同葛城美里一起来到了太平洋上空。
在这里，他们将和太平洋舰队汇合，然后接收被送到日本的EVA二号机。
蓝天，白云，碧波。
走下直升机，看着眼前的太平洋舰队，方正打了个哈欠，而碇真嗣这会儿也走了下来。
“方正先生。”
“嗯？什么事？真嗣？”
“那个………绫波她………没事吧。”
“没事。”
面对碇真嗣的询问，方正笑着摆了摆手。
“赤木博士那边好吃好喝供着她呢，而且她也不用担心吃肉了。”
“哈哈哈………”
听到方正的回答，碇真嗣露出了一丝苦笑，他也知道方正说的没错，在家里方正为了引诱绫波丽吃肉，也是每天都会上一道荤菜，更要命的是做的还很好吃。碇真嗣倒是不在意这些问题，反正他吃的再多也会在之后的锻炼里消化的干干净净，不吃简直对不起自己。
而绫波丽显然就不这么“潇洒”了，她是真的不喜欢吃肉，但是方正又一直勾引她吃肉，这让绫波丽很无语………
现在方正带着碇真嗣出差了，绫波丽也不用纠结吃肉了，可谓皆大欢喜。
那边葛城美里去和太平洋舰队的司令进行紧急用电源的交割，而这边方正也带着碇真嗣遇到了这部作品之中的第二个女主角。
“你就是第三适格者？”
穿着米黄色连衣裙的少女骄傲的抬起头来，注视着眼前的碇真嗣，得意的抬起了下巴。
“我是第二适格者，惣流.明日香.兰格雷，还请多指教啊。”
“你好。”
哪怕经受过方正的地狱式斯巴达训练，碇真嗣的本质依旧是个自闭宅男，面对眼前这个意气风发的少女，他多少还有些不太自在。
“我是碇真嗣。”
“嗯……………”
看着眼前的碇真嗣，明日香皱起眉头，仔细审视了一下。
“看起来倒还像是那么回事吧，比照片上像样多了。”
这也是当然的，从碇真嗣“落到”方正手里到现在，也差不多有一个月了，十四岁的少年，正是长身体的时候，又天天被方正用斯巴达训练打磨着，此刻的碇真嗣早已经和原着动画里那个瘦弱的自闭少年有了区别。
原本在动画里，虽然是同岁，但是碇真嗣的身高却是三人中最矮的一个，明日香经常骂他是“小鬼”也是这个原因。但是现在，经过方正的“教导”之后，碇真嗣的身高已经窜到了一米六，算是三个人里最高的，而且他的身材也发生了变化，虽然并没有八块腹肌安天下那么夸张，至少起码看起来给人的感觉就是一个健壮的男人，走路也不再是弯腰驼背，而是挺直了身子………别的不说，起码气势是有了。
“你好，明日香。”
方正这会儿也走了过来，对着明日香打了声招呼。
“我是NERV的方正，或许你已经知道了，从今天开始，我将负责管理你的生活………嗯，还请多指教。”
“……………”
看着方正，明日香微微愣了一下，接着她轻哼一声，并没有多说什么，只是点了点头。
“那么，我先去处理葛城那边的事情，真嗣，你和她好好相处吧。”
“啊，是………”
虽然碇真嗣向方正投来了求救的目光，但是方正却是并不在意，只是呵呵一笑便转身离开。自己已经把碇真嗣的外在硬件都给改造完了，接下来他内部能否成长，还得看他自己不是？
至于碇真嗣和明日香会怎么相处，方正暂时并不理会，他只是径直走到了舰长室，而方正才刚刚打开舰长室的大门，就听见里面传来了葛城美里的惨叫声。
“为什么你会在这里啊！！”
嗯？
听到这个声音，方正探出头，向着里面望去，只见葛城美里这会儿一副见了鬼的样子，恶狠狠的盯视着前方。而在葛城美里的前方，则站着一个胡子拉碴，不修边幅的男子。此刻的他正笑嘻嘻的捡起葛城美里掉落在地上的文件，然后还给了她。
“真是的，见到我会这么惊讶吗？”
“比我想象的还要糟糕！早知道你在这里，我就不来了！”
一把拿过男子递来的文件，葛城美里无奈的叹了口气。而这时男子也看见了从门外走进来的方正，微笑着对他伸出了手。
“你好，我是加持良治，初次见面，你就是NERV的方正三尉吧。”
“没错，你好，加持先生，很高兴见到你。”
看着眼前的加持良治，方正眉头微微一挑，接着面带微笑，握住了加持良治伸出来的手。
对于眼前的男人，方正自然是有所了解的，他是葛城美里的前男友，同时也是NERV内务部的成员，但事实上，他同时也为日本政府做事，用现在比较流行的话来说的话，加持良治算是双面间谍。
但是加持良治并不是什么坏人，事实上，他一直在为日本政府探查关于NERV和人类补完计划的秘密，如果当时加持良治能够找到有力证据来证明NERV试图毁灭世界的话，那么说不定就会是另外一个结局。无奈加持良治最终功败垂成，还是死在了碇源堂的手下，多少还是有些可惜了。
其实从动画里的好几个方面就可以看出，联合国内部一直都有人在关注和警惕SEELE，显然，他们也对SEELE的计划感到怀疑。但是却没有办法行动，毕竟无论SEELE和碇源堂背地里搞什么鬼，都不可否认只有NERV和EVA才能够抵挡使徒，拯救世界。
所以这些人只能够一面观察，一面调查，寻找线索。
不过可惜的是，这些人最终还是没有想到SEELE出手如此果断，直接把全人类橙汁化了。以至于他们甚至都没有来得及出手。事实上，就连剧场版里被SEELE误导的国联军也是一样。他们的目的是正确的，只可惜他们没有搞清楚自己的敌人究竟是谁。
在剧场版之中，国联军对NERV发动进攻，原因就是从SEELE那里得知了NERV试图毁灭人类（这个消息真的是一点儿错都没有），从而要强行占领NERV。只不过他们没有想到这背后的一切主使并不是NERV，而是SEELE。
于是SEELE转手卖掉了NERV，吸引其他人的注意力，然后趁机开启自己的人类补完计划………
说白了，整个剧场版就是SEELE和碇源堂互相卖对方，最后看谁本事大………然并卵，最后双方全部完蛋，谁的计划都没有成功。
由此可见，果然人算不如天算。
脑中转过了这么多念头，但是方正面上并没有露出什么表情，只是微微和加持良治握了握手就收了回来。
“方正三尉，你最好离这个男人远一点儿，他可不是什么好东西。”
这会儿葛城美里也凑了过来，不满的瞪视着加持良治，而加持则是苦笑了一声。
“真是的，也不至于这么说我吧，还是说………这是你的新欢吗？”
“我和葛城一尉仅仅只是工作关系而已。”
方正当然不会把自己和葛城美里联系在一起，他对葛城美里可是一点儿兴趣都没有。
“是吗？我还以为美里那么紧张，一定是有了新恋人了。”
“毕竟这个世界上再也找不出来比你更烂的人了！”
对于葛城美里和加持良治之间的夫妇吵架，方正是一点儿参与的兴趣都没有，而是百无聊赖的靠在窗口，望着外面碧波荡漾的大海。不过话说回来，如果自己记得没错的话，这次应该会有使徒………
“轰！！”
然而，还没有等方正脑中转完这个念头，就听见远处传来了一声爆炸声响，随后远方可以看见一道水柱冲天而起。
“发生了什么事！”
此刻舰长也是急忙冲了过来，大声喝问道。
“我们遭到不明身份敌人的袭击！”
果然来了啊。
看着忙乱成一团的指挥室，方正只是默默的在旁边看热闹，如果他没有猜错的话，来袭的应该就是第六使徒，而接下来只要碇真嗣和明日香乘坐二号机出去大显神威就………
“方正先生！”
沉浸在动画的回忆之中，以至于方正一时间都没有反应过来，当他看着站在自己面前的碇真嗣和明日香时，方正反倒一愣。
“你们怎么会在这里？你们没登上二号机？”
“晚了一步！”
明日香气的伸出手去，用力砸了下桌子。
“我们没赶上！”
“没赶上？二号机呢？”
“这个………已经沉到海里去了…………”
“……………哈啊？”
听到真嗣无奈的回答，方正也是目瞪口呆。
还有这种操作？
说好的两人乘坐二号机出击，然后打开使徒嘴巴的零距离炮击作战呢？
眼下二号机都沉了，这还打个鬼去啊！
方正收回目光，这才发现指挥室里不知道什么时候司令和葛城美里已经吵成一团了。葛城美里强烈要求收回二号机然后再出击，但是司令却明显表示这个怪物太可怕，太平洋舰队根本打不赢，这样下去的话只会全军覆没，所以他要求立刻撤退，等使徒退走之后再来回收二号机———反正那玩意儿又不会自己跑了！
虽然从道理上来说，司令的话肯定是对的，但无奈现在这使徒显然是打算对整个太平洋舰队赶尽杀绝了。而以太平洋舰队的火力，一来打不穿AT力场，二来也挡不住使徒的攻击，这样下去怕是还没撤离完就被打光了。
失去了EVA，两个驾驶员这会儿也很无奈，明日香更是气的要命。也算是她运气不好，当时她本来是想要按照“原着”那样，带着碇真嗣去见识自己的二号机的，结果还没等明日香登船，二号机的那艘船就直接被使徒一个偷袭弄沉了，害的明日香只能够眼睁睁的看着自己的二号机沉到海里去………
还能怎么说？只能说是运气不好呗？谁叫使徒第一个偷袭的就是二号机在的那艘船呢？
没办法了。
看着吵的不可开交的葛城美里和司令，方正无奈的摇了摇头。
看来，这次只能够自己亲自出手了。