12日，任命沛郡太守韩歆为大司徒。17日，罢免马成的大司空，仍为扬武将军。
吴汉率得胜大军凯旋回朝。经过南阳郡治宛县时，刘秀诏书传来：命吴汉过家上冢，并赐谷二万斛。
4月，大军回到京师洛阳。刘秀下令大飨将士、班劳策勋。此次功臣增邑更封者共365人、外戚恩泽封侯者共45人。食邑最多的是胶东侯贾复6县。其次是三人食邑4县：高密侯邓禹、广平侯吴汉、安丰侯窦融。
刘秀厌心武事，且知天下疲耗，思乐息肩。故非遇警急，不复言兵。此时皇太子刘彊已13岁，有一次曾向父皇问起攻战之事。结果刘秀很严肃的告诉他“从前卫灵公问陈，孔子不对。此事不是你该问的啊”
最先发现刘秀欲厌战散伙的人，是邓禹。在刘秀的追随者当中，估计没人能比邓禹更铁杆，也没人能比他更了解偶像刘秀。所以尽管邓禹伐赤眉无功，但在所有功臣当中，邓禹仍位居第一！想当年，是谁策划刘秀离开刘玄，自开公司的？是邓禹！邓禹是刘秀造反生涯中最重要、极关键的一个历史推手。这样的眼光，他能看到刘秀的未来，当然也能看到他自己的未来。
邓禹认为：天下已定，功臣们都留在京师拥兵自重，这会让皇帝顾虑重重。不如自己现在就来做个榜样，退居二线…于是，右将军邓禹叫上左将军贾复，一同向刘秀请愿，说愿交出兵权，回家钻研学问。
很快，刘秀就批准了。并干脆一不做二不休，废除了左右将军这个官职。并下令：所有功臣都不能在政府机构中任职。政策一出台，猛人耿弇也交出建威大将军的印绶。不消多久，大家都主动退出官场，皆以列侯就第，加位特进，奉朝请。
这是一场你好我好大家好的结局。眼前这种局面，非常符合刘秀的政治审美思想。所谓功成身退，才是智者之举！功臣们稍有过失，刘秀也必曲为回容，宥其小失。所有远方进贡珍甘，刘秀也常常先赐功臣，不会吝啬。功臣们也都怀德畏威，不生怨望。比起那高祖时代，迥然不同。大家都能保其福禄，无诛谴者。
邓禹内行淳备，有子13人，各使守一艺，修整闺门，教养子孙，皆可为后世法。资用国邑，不修产利；贾复为人刚毅方直多大节，既还私第，阖门养威重。
隐退江湖的高官中，李通也是其中一个。刘秀告诉李通“以后朝廷高层决策，将全由公卿们讨论决定。不过有几个功臣也必须参加。名额不多，也就三个人而已：高密侯邓禹、胶东侯贾复、最后一个就是固始侯李通你”
当然，现在天下只是初定，还有很多收尾工作也必须有人来做。为此，刘秀特别留下了两个会干活的人：大司马吴汉就像救火队长，哪里有火，就往哪里去灭火。7年后，这位救火队长生命烧到了尽头，病逝…
除吴汉之外，另一个拼命干活的厚道之人，就是马援。
马援干活，刘秀特别满意，并寄之重任。马援干的活，除他之外，还真找不出可替代的人。马援的活，跟当年赵充国的活一样，就是跟西边少数民族打交道。来歙生前就曾对刘秀说“要搞定西边这帮趁机造反的少数民族，非马援不可”于是刘秀就拜马援为陇西太守。事实也证明来歙的眼光独到。几年以来，马援都在无怨无悔地稳定西北，跟羌人捉迷藏，打游击…
在别的同志看来，马援是个肯干活，且不图报酬，不爱财物的好同志。在刘秀看来，想干活，能干活的同志，当然是好同志。但很快，他就发现马援这个老同志身上，暴露了一致命的弱点！
一想到马援身上的弱点，刘秀就睡不着觉。隐约之间，一股从未有过的杀气，打刘秀的心底腾腾冒出！
马援这辈子的人生哲学只有八个字：浪荡江湖，四海为家。马援12岁早孤，离开家乡，去边郡放牧。我仿佛看到：在那遥远的苍茫大西北，马援就像一孤独的侠客，仰望星空，韬光养晦，苦练神功。
在马援的身上，有纵横家的气质。纵横家这称呼换到现在，可称之为外交家。当马援在隗嚣、公孙述、刘秀等人之间自如游走的时候，我们仿佛看到战国时代的苏秦奔波六国的影子。然而在我看来，马援是个优秀的外交家，也是个出色的军事家，但他绝不是个卓越的政治家！
马援从来都认为：自己的忠诚、意志、本事，都是经过刘秀的考验的。只要刘秀欣赏，他不需要为别人而活，也不需要跟别的权贵有何来往。
早年孤独侠客的气质和思想，仍在马援的身上根深蒂固。这是一件多么危险的事情，可估计马援从来没想过！马援心里想的只有一件事：活到老，打到哪。哪里有战争，哪里就有我马援的影子…
4月，公孙述的瞽师、郊庙乐器、葆车、舆辇等物，被从益州运至京师洛阳，于是法物始备。兵革既息，天下少事，文书调役，务从简寡，甚至十中存一。
26日，窦融被任命为大司空。
5月，匈奴侵掠河东郡。7月，广汉郡徼外白马羌豪率族人内属。9月，日南郡徼外蛮夷献白雉、白兔。
12月30日，刘秀下诏：益州百姓自建武8年(32)以来，被掠为奴婢者，一律免为庶人；依托为人下妻而欲去者，一律听其自便。敢有拘留者，按建武7年5月，青、徐二州的买卖人口之法从事。
建武14年（38）1月，匈奴遣使贡献。刘秀则一面派中郎将刘襄出使匈奴还报。另一面又派马成驻兵常山、中山二郡，以防备匈奴。
4月29日，刘秀封孔子的后代孔志为褒成侯。
4月，邛谷王任贵派遣使者入京，贡献三年之计，被刘秀封为越巂太守。
9月，贾丹杀死卢芳的部将尹由来降。
本年，刘秀下诏：益、凉二州奴婢，自建武8年以来自讼在所官，一律免为庶人。卖者无还值。
西域是汉武大帝刘彻发现的，但是真正全盘接管的是汉宣帝刘询。bc60年，刘询设置西域都护，算是将西域正式纳入汉朝的管辖范围。但王莽篡汉，天下大乱。西域从此脱离。16年，最后一任西域都护李崇被焉耆等国赶出去后，到本年已22年之久了。现在刘秀认为：东汉王朝刚经历了大规模内战，天下刚刚安定，但国力已经萎缩，无法伸展到西域。这西域都护一职还是取消算了。
不设都护，等于把西域拱手让给匈奴。这下西域诸国就不干了！莎车王贤、鄯善王安两国最先向东汉王朝遣使奉献。强烈要求刘秀再设都护，打理西域。他们认为：西域诸国没了汉朝支持，国将不国，国民幸福指数正迅速下降，民怨遮道。为西域诸国着想，请刘秀您还是不要犹豫了，尽快出兵吧…
刘秀这辈子，从不轻言放弃。但在西域这个问题上，他真的是无能为力了。当他看着西域诸国的使者，带着贵重的财物，千里迢迢前来拜见时，心里都不由得替自己悲凉了。但最后，刘秀还是拒绝了莎车、鄯善两国重设西域都护的请求。
建武15年（39）1月23日，大司徒韩歆罢官。汝南太守欧阳歙被任命为大司徒。韩歆担任大司徒仅仅两年不到，好直言，无隐讳，指天画地，常常惹得刘秀动怒。罢官之后，刘秀仍不罢休，派使者宣诏切责。韩歆悲愤自杀，其子韩婴也自杀。天下人为之呼冤，刘秀这才感悟，下令追赐钱谷，厚葬之。
1月，建义大将军朱祜罢免，以列侯奉朝请。
2月，因匈奴屡屡侵犯，刘秀也只得命吴汉率马成、马武等将北击匈奴。然后将雁门、代、上谷三郡的官吏百姓六万余人全部迁徙至代郡常山关、上谷郡居庸关以东，以避胡寇。匈奴人则随之进入长城之内。朝廷患之，但也无可奈何。
4月，刘秀将自己的10个儿子全部封为公爵：右翊公刘辅、楚公刘英、东海公刘阳、济南公刘康、东平公刘苍、淮阳公刘延、山阳公刘荆、临淮公刘衡、左翊公刘焉、琅邪公刘京。几天后，追封自己的大哥刘縯为齐武公、二哥刘仲为鲁哀公。对大哥刘縯留下的刘章、刘兴两个孤儿，刘秀则尽心培养，恩爱甚笃。先任命刘章为pY县令、刘兴为缑氏县令。后从县令进为郡太守：刘章为梁郡太守、刘兴为弘农太守。
6月25日，刘秀下令设置屯骑、长水、射声三校尉官。改青巾左校尉为越骑校尉。
因天下垦田多不以实自占，户口、年纪也互有增减，6月，刘秀颁布了东汉历史上著名的‘度田令’命天下州郡详细检核垦田亩数、户口年纪。这顿时引发了天下骚动！刺史、太守们多以度田为名，聚民田中，把百姓们的房屋、里落，都作为田地来丈量。而对地方豪强们，这些官员又都是另一副嘴脸，毫不顾问。
各州郡陆续上报度田结果。兖州陈留郡的吏牍中却有一纸夹入，上面只有两句话13个字“颍川、弘农可问。hN南阳不可问”刘秀询问此纸从何而来？吏人回答“在长寿街上捡到，误嫁入牍中”刘秀又疑又怒。这时刘秀第四子（阴丽华所生长子）12岁的刘阳在旁进言“hN是帝都所在，多近臣。南阳是父皇家乡所在，多近亲。若有田宅逾制，此二郡太守定不敢细问，故有是语”刘秀大悟，命虎贲中郎将对该吏人再行诘问，吏人无从抵赖，只好实话实说，所答便如刘阳所说。
刘秀一方面派谒者巡行天下，纠察二千石长吏，实地钩考，不得徇私。另一方面又对自己与心中女神阴丽华所生的这个爱情结晶宠爱有加，渐渐有了改立太子之意…
11月1日，大司徒欧阳歙被查出“度田不实，受赃千余万”下狱论死。欧阳家是世代《尚书》博士，到欧阳歙已是第八代了，在天下儒生中享有极高声望。但哪怕有千余名儒生集体为欧阳歙求情，甚至有自髡剔者。还有一年仅17岁、叫礼震的儒生甘愿代欧阳歙而死。刘秀都绝不容情，欧阳歙最后死在狱中。
12月17日，关内侯戴涉被任命为大司徒。但戴涉最后也下狱而死！作为百官之首的大司徒，接连三任都被刘秀搞死：韩歆做了2年不到、欧阳歙做了9个多月、戴涉做了4年多…这不能不成为光武皇帝刘秀生涯中的一大污点！
12月，卢芳离开匈奴，入居代郡高柳县。
本年，虎牙大将军盖延去世。
本年，骠骑大将军杜茂因手下军吏冤杀无辜，被连坐免职。由马成代杜茂守边，骑都尉张堪代领茂营，匈奴人听说杜茂去职，乘隙来犯，却在高柳县被张堪击败。随后，刘秀任命张堪为渔阳太守。匈奴高柳被挫之后，竟发万骑来打渔阳郡，结果又被张堪大败。张堪在郡八年，匈奴不敢犯塞。劝民耕稼，以致殷富。有民谣歌颂张堪“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不可支”