也许是上天庇佑，恰如后花山天皇所料，经过后续治疗，病情竟稍有好转。于是他于开源十年（1632年）正月，命秀保为摄政，适时寻觅宗室过继为嗣。
这是自藤原良房贞观八年（866年）正式称摄政后，时隔近八百年再一次由皇室宗亲担任摄政，名义上与担任关白的丰臣秀赖一并主持朝局，排挤以摄关家为首的公卿，公卿仅存的权力和地位也受到挤压。
自摄关家以下，包括清华家、大臣家、羽林家、名家、半家，由以上各家组成的门第被称为公家，各家的当主也按照门第给予相应的官职。
其实自会津之战后，秀保就开始延续秀吉时代的做法，给予谱代和强力外样大名“清华成”（即“武家清华家”）的家格，等同公家的“清华家”家格，完善武家与公家的对等体系。
且庆长十八年（1613年）菊亭晴季以清华家家格担任关白开始，秀保就在有意打乱公家内部的等级秩序，进而削弱公家的势力和地位。
幕府成立后，更是通过拉拢、威压、联姻等手段强化与公卿的联系，将公家与幕府捆绑。
特别是“大坂之阵”结束后，秀保更是将武家大名强行提拔入公卿的行列，虽然还停留在较低级的“名家”“半家”，但趋势已经不可避免。
三月中，藤氏长者、右大臣近卫信寻（后阳成天皇四子、后花山天皇之侄，近卫信尹养子），大纳言一条兼遐（后阳成天皇六子、后花山天皇之侄，一条内基养子），九条家当主九条忠荣等不堪伏见宫及幕府威压，意图拥立后阳成天皇七子、后花山天皇子之侄高松宫好仁亲王为皇太子，并争取了部分公家支持。
但好仁亲王本就只想做个太平王爷，暗中也与满仁、秀赖等交好，加之畏惧伏见宫威势，因此，表面上对于公卿们的拥立表示赞赏，暗地里却密报伏见宫，秀保遂与诸子及重臣商议行动。
四月初六，好仁亲王以商谈要务为由将一干公卿召至高松殿，随即贤仁、清仁亲王率领亲卫赶到，以密谋弑君、擅决废立等罪名进行逮捕。
这些公卿哪曾见过这种阵势，慌忙四散，近卫信寻甚至仓惶躲进内殿，也被贤仁亲王带领兵士进去捉拿；有少许尝试反抗者，则被清仁亲王就地格杀，一时间高松殿内刀光剑影、哀嚎遍野。
好仁亲王见此情景，既庆幸又害怕，不用他人言语，他次日便宣布于仁和寺出家，也就是后来的明觉法亲王。
秀保则奏请后花山天皇，特赐法院号，称常德院。同时，责令后阳成天皇另一子政仁亲王于南禅寺出家，是为宪良法亲王。自此，后阳成一脉再无践祚可能。
五日后的六条河原上，近卫信寻、九条忠荣等十八名公家贵胄被斩首，一条兼遐等九十余人被流放各地。这场变故因发生在四月（别称“卯月”），被称为“卯月之变”。
至此，公家根基被彻底摧毁，秀保也以摄政的名义对公家进行改革，史称“公家整治”。
在此之前，经过近千年的发展，藤原氏通过联姻、过继等手段，借助“二神约诺神话”，即天孙降临之时，藤原氏祖神天儿屋根命受天照大神之命随迩迩艺尊下国时，天照大神与天儿屋根命定下诺言，以后者为太神宫辅佐第一神之事，近乎垄断了公家。
在六大公家家格中，尤以垄断太政大臣和关白的摄关家和清华家为尊。
摄关家包括近卫、九条、鹰司、二条、一条五家，皆是藤原北家御堂流，其中鹰司是近卫分支，二条、一条是九条分支，因此以近卫、九条为尊。
清华家包括三条、西园寺、德大寺、久我、花山院、大炊御门、今出川七家，其中三条、西园寺、德大寺是藤原北家闲院流，花山院、大炊御门是藤原北家师实流（御堂流分支），久我是村上源氏，祖上源师房是藤原师通养子，与藤原北家御堂流关系紧密；今出川是西园寺分支，因此排在末位。
所谓二神约诺神话，实际上是十一世纪中期，因由摄关家辅弼皇室之现实而诞生的，藤原氏借助神话的再构建，对自身的通知合法性进行强调。秀保此番改革，重点就是削弱上述两大家格公家的正统性，进而将这个寄生在皇室之上的权门彻底剥离出去。
首先便是例数历代藤原氏对皇权的蔑视和架空，指责其违背祖神之承诺；紧接着便以参与此次谋反为由，将朱器台盘（藤氏长者的信物）、藤氏长者印、渡庄券文（摄关家所领之地券）等器物和摄关家的正邸东三条殿从近卫家接管过来。
不仅如此，还直接将近卫、九条、二条、一条贬为民籍，但对未参与谋反的鹰司氏网开一面，仍准予保留摄关家格，并且贬为民籍的公家成员中来自鹰司氏的也可以复归，但位次上只能排在末位；
随后，令近卫经季复归今出川氏，仍为太政大臣，提拔今出川氏为摄关家格，并由今出川经季接任藤氏长者，位在鹰司氏之前。
同年，出于控制地方的考虑，秀保与菊姬之三子孝仁亲王、与菊亭持子之子晴仁亲王臣籍降下。
前者改回原名丰臣秀孝，封地降至北大和（新庄）十五万石，晋位中纳言，承袭大和丰臣氏；
后者改回原名丰臣秀晴，封地降至和泉（岸和田）十二万石，晋位权大纳言，并赐予摄关家格，成为秀保一族在公家的代言人。
此外，纪伊丰臣氏、尾张丰臣氏（丰臣秀房接受丰臣本姓，但婉拒更改苗字，仍使用其祖父三好苗字）也被纳入摄关家。排名来看，依次是纪伊丰臣氏、大和丰臣氏、尾张丰臣氏、今出川（菊亭）氏、鹰司氏。
至于清华家，出自御堂流的花山院、大炊御门都受到牵连，划入重新设置的名臣家（旧大臣家、羽林家、名家、半家打乱后重现设置大臣家和名臣家）；
久我氏代表的村上源氏，在战国时期曾一度把握源氏长者的称号，对秀保夺取之事多有不满，因秀保代表的河内（清和）源氏自视正统，便索性将其贬为民籍；
三条、西园寺、德大寺三家，经今出川一族求情，除了三条以外，西园寺也得以保留家格但位居末位，德大寺则贬为大臣家。
增补的清华家包括如下五家：
毛利氏，秀保之孙，原为大江朝臣，丰臣朝臣赐下；
蒲生氏，秀保亲家，原为藤原朝臣，丰臣朝臣赐下；
前田氏，地方强藩，菅原朝臣；
结城氏，秀保亲家，原为藤原朝臣，丰臣朝臣赐下；
京极氏，秀赖亲家，中宫京极常子之娘家，原为宇多源氏，丰臣朝臣赐下。
其实，皇籍奉还后，秀保便开始将秀吉时期滥赐的丰臣姓和羽柴氏全部收回，仅赐予少数确有血缘或姻亲关系的大名。
因此，将毛利、京极三家纳入清华家并下赐丰臣氏，算是对其地位的重新确认。而给予前田、蒲生、结城三家与力大名清华家格，多是考虑其对幕府颁布的教令比较顺从，特别是对“永宁双令”的执行较为彻底。
经此“公家整治”，伏见宫确立了对公家的主导权，公武合体也进一步加深，可以说，秀保已然站上了权力的顶峰，就连当年“此世即吾世，如月满无缺”的藤原道长也难望其项背，且这一切都是源于自己无可比拟的势力，而非凭借所谓外戚，更是让人无法置喙。