幕府军攻克尼崎城后抵达大坂外围，蜂须贺家政、生驹一正、胁坂安治等四国大名也奉命率军抵达大坂城下，截至二十二日傍晚，大坂外围已聚集幕府联军十二万，城内大坂军不过三万两千人，兵力悬殊，结局已能预料。大坂军虽趁夜色发动数次突袭，但收效甚微，大坂之围固若金汤。
可就在这天深夜，秀保召集军议之时，石田三成却出现在了本阵外。秀保命人将其引入账内，开门见山道：“治部若是来劝我退兵，还是请回吧。”
石田三成神情疲惫，眉头紧锁，气喘吁吁地回答道：“请殿下给我点时间，我定能劝说少主开城，届时我定带他前来请罪。”
“三年前给过他机会了，我现在什么都不想听他说。”秀保生气道：“之前怎么胡闹，我都当他是个孩子，淀夫人的死难道还不能让他成熟么，非要做到今天这个地步？这些年来我的良苦用心都被狗吃了？”
“殿下息怒，他毕竟是太阁的独子，丰臣栋梁啊，您是他的后见，这么做，怎么对得起太阁在天之灵？”石田三成苦苦哀求道。
“你说怎么样才算对得起太阁？！”秀保闻之大怒：“难道都这样了我还要惯着他，让他继续闹，最后再给个关白做做？”
听到这，石田三成惊诧不已：“殿下您是打算违背当初的誓言么，关白之位不是……”
“想什么呢，都这样了还能做关白？”岛清兴在一旁讽刺道：“难不成当上关白，让天皇陛下宣布主公为朝敌？别说关白了，就是这大坂城，几次三番发生变故，实在也不能留。”
“这话太失礼了！”石田三成怒吼道：“关白、大坂还有这天下都是太阁留下的，你们有什么资格从少主手中夺走，况且…如今大坂城中尚有精兵四万，完全可以一战，等战事焦灼，人心不稳，到时候……”
“到时候胜负未尝可知？”秀保嗤之一笑道：“你信不信，我一声令下，明早便能在大坂天守阁用膳？！从‘大坂骚动’到毛利军进驻大坂，再到治部你在庆长五年的所作所为，短短两年大坂便经历了三次战乱，你觉得如今还是太阁在世时固若精汤的不落之城么？！”
“不论如何，还请将军殿下开恩，给臣个机会，给右府一个机会！”面对秀保这般的强硬，石田三成终于屈服了，他跪拜在地，深深地向秀保表示臣服，换取秀保的开恩。
虽然这种臣服在秀保看来十分廉价，但念及石田三成在丰臣政权中的地位，以及周边大名，特别是加藤嘉明、福岛正则这些秀吉旧臣的感情，秀保最终还是力排众议，准予石田三成进城劝降。不过提出了三个条件：
一、秀赖必须亲自来郡山请罪，接受幕府颁布的判物（即知行宛行状，又称“朱印状”）；
二、秀赖正室千姬与嫡子鹤松至郡山为质；
三、秀赖减封改封至纪伊国，知行三十二万石，居城迁往和歌山城。
知行宛行状，指的是确认大名对某块土地拥有“知行权”的正式文书，自从太阁检地以来，知行宛行状就一直作为丰臣政权下大名手中类似的“地契”存在，是大名领地合法性的象征。
会津之战后，丰臣宗家的藏入地多被拿来奖赏有功大名，藏入地制度名存实亡。但知行决策权，即明确大名知行权的权力和知行宛行状的授予名义上仍掌握在丰臣宗家的手中，只不过由秀保代为执行。
即便郡山幕府成立，知行宛行状的授予仍是丰臣宗家做主，幕府颁发的知行宛行状只限于“御领”知行的下赐，外样大名主要还是认可被秀吉父子授予的知行宛行状。也就是说，虽然藏入地没有了，但其顶层制度仍然存在，并对幕府的合法性构成挑战。
秀保让秀赖接受幕府的知行宛行状，就意味着权力的最终交接以及大坂的彻底臣服，丰臣政权就此彻底走下历史舞台，幕府的权威和正统地位得到进一步巩固。
至于转封纪伊国，则是让秀赖离开近畿，进一步削弱其实力和权威，而且纪伊尚有岩室、田边、新宫等军港和数个大和丰臣氏旧臣的封地，也便于对秀赖进行监控。
秀保也料想这般严苛的条件秀赖可能不会答应，但他也并未真的打算置他于死地，逼他与大坂共存亡，因此也告诉石田三成，若他不愿去和歌山城，可将家督之位让于子嗣，另选他处居住。同时给出三个选项：近江长滨城（秀吉旧领）、伏见或者京都。
石田三成别无选择，只能照此条件进城劝降。秀赖其实也知道如果继续负隅顽抗会是什么结果，加之三成和且元的全力劝说，望着尚在襁褓中的鹤松，最终接受了秀保开出的条件开城投降，并亲至秀保本阵谢罪，但他拒绝归隐，宁可迁居和歌山。
至此，“大坂之阵”结束，数天后，秀赖携家臣离开大坂前往和歌山，纪伊和歌山藩正式成立，此后丰臣宗家的称呼则多以“纪伊丰臣氏”取代，不过对秀赖的称呼仍是“右府殿下”。秀保则宣布由幕府拨款为其兴建新居城，并在不久后将千姬母子从郡山接到伏见居住，也算是对秀赖的一点安慰。但是宇喜多秀家则遭受改易并流放朝鲜郁陵岛，加贺三藩及安昙藩被废除，所有领地纳入御领。
一个月后，奉秀保之命，以心崇传和藤堂高虎拟定的《武家诸法度》以及《禁中并公家诸法度》正式出台，这两份约束大名和公卿的制度，特别是其中的“参勤交代”，被后世认为是强化幕府权力的一项重要举措。
十二月十九日，带着无尽的失望和悲愤，德川家康病逝于高野山。秀保命结城忠直（结城秀康之子，水户藩二代藩主）接回家康灵柩，忠直则以本家已继承结城氏为由奏请将其葬在三河冈崎城松平氏墓地，“德川”这一苗字就此终结。秀保准之，并命史官为其立传，由于感慨当年争霸天下的群雄大多逝去，天下已定，秀保奏请朝廷，明年改年号为“永宁”，以祈求天下安宁。