小智继续把手放上了石板，先前出现的蓝光再次出现，并笼罩着小智。被蓝光笼罩之后，小智的双目被这道蓝光填满，刺眼得小智不由地闭上了眼。等到小智再次睁开眼时，发现自己进入了一个奇异的空间。
有点像是超梦将自己拉入其中的心灵之境，也有点像自己做过好多次的梦。
“拥有波导之力的小子，你总算来了！”突然，耳边传来一道青年男性的声音。
“欸？波，波导之力是······话说是谁在说话？”小智扭头看了看四周，却看不到一个人。“莫非是······”小智扭头看着那块唯一陪着自己的石板，但马上又摇了摇头，“不对不对，石头怎么会说话啊！”
“这只是我留在石板上的话，类似录音的存在啦。”石板解释着。
“哦，原来是这样。”被石板这么一解释，小智立马就接受了这个事实，“所以，你能告诉我，打败黑暗洛奇亚，拯救旋涡列岛危机的方法吗？”
“这正是你能见到我的理由。接下来的话，请仔细的听好······”
而在现实中，在叶音和斯科特眼中，小智问了奇怪的话后，将手放在石板上，就像是被超能系宝可梦用意念抓住了一样，定在原地几分钟了。
当斯科特要上前，动手推小智时，小智猛地一震，向后退去。他杵在原地，瞪大着双眼，不断喘着大气，一副惊神未定的样子。
斯科特疑惑地问到：“小智，你这是怎么了？”
“我，我······我听到了石板的声音。”
“什么！”斯科特和叶音异口同声地大叫道，而叶音也突然意识到，自己之所以无法破译，就是因为这最后的石板，只有预言之子才能读懂。
叶音一把合上电脑，抓住小智的肩膀激动地问：“小智，告诉我最后的石板上，写了什么？”
斯科特上前隔开叶音，说道：“别那么着急，让小智慢慢说。小智，你是从石板上得到了拯救危机的方法吗？”
“方······方法，我大概是知道了。”小智有些犹豫地说着。看到小智这副模样，皮卡丘跳到小智头上，猛地放出电击。电得小智都能看清他的骨架了。斯科特和叶音都纷纷向后退去。“皮······皮卡丘，你这是干什么啊？”
“皮卡，皮卡皮卡！（知道就是知道，不知道就是不知道，别给我支支吾吾的！）”皮卡丘踩着小智的头，呵斥道。
被皮卡丘这么一呵斥，小智猛地起身，握紧拳头，坚定地说：“跟我来吧，我知道怎么打败洛奇亚，拯救旋涡列岛了。”
画面来到七之岛的海边小镇，冠军小绿、天王科拿以及一众馆主，纷纷都在将街上以及海边的人们疏散到森林中。以免狂风破坏房屋和港口设施伤到居民。
小霞骑着暴鲤龙，在港口附近疏散人群和船只。而当她召唤出暴鲤龙，才发现，自己的暴鲤龙也是从核辐射的伤害中恢复如初，而且还显得更加精神，是自己的错觉吗？
而在森林中调查在这场风暴中宝可梦的情况的大木博士和小建，发现整座小岛上的宝可梦，生命力和体力都在缓慢的消逝中，而流向就是高空之中、风暴中心的洛奇亚。
一片枯叶落在小建的头上，小建猛然地叫道：“大木博士，就连这些大树也在受这股风暴影响了。”
大木博士不由的抬头，一片，两片，三片，十片······越来越多的枯叶，落了下来。大木博士一边在纸上记录着什么，一边说到：“看来，洛奇亚是在汲取整座小岛上的生命的生命能量，但只是恢复自身所消耗的能量，根本用不了这么多啊。”
“那既然宝可梦和植物都被吸取了生命能量，”大木博士低头看着自己的手掌，喃喃道：“那人类呢？”
刚一说完，大木博士不由地一阵头晕。
小智、斯科特还有叶音三人，回到了村子，小智找到了芙卢拉，并要求她再次在法阵上吹奏笛子。
“这么做，是为了什么？”
小智没有解释，只管让她吹就是了。
本来芙卢拉和姐姐小优，还在安抚聚集在一起的村民，这下子被再次赋予巫女的职责，她只好再次穿回巫女服。她穿着巫女服，内心忐忑不定地走向村子的祭坛法阵。
悠扬的笛声再次被吹起，远处三座圣殿也散发着微弱的光芒。而云层之上，高空之中的洛奇亚，也破开黑云，落到了人们的视线当中。凝视着那满身漆黑的羽毛，和宛如血月的双瞳，众人无不被这巨大的压迫感，压得喘不过气。
“等洛奇亚恢复了，下一个目标，就是一个又一个的人类大陆了喵。到时候，人类将被放逐，属于宝可梦的崭新纪元即将开启了喵！”喵喵用颤抖却威严十足的声音说着。
飞在空中的小绿，一眼便看见了远处菩提科特村的上空二十多米高的位置，悬浮着黑暗洛奇亚。“糟了，洛奇亚要开始了吗？”
同样察觉到这一点的娜姿，心急如焚，当场就要施展瞬间移动，前往村子，但小霞还有科拿都要求带上自己。娜姿冷冷地说，自己最多只能带一个人。
就在两人顾忌对方，没有开口之际，小绿站了出来：“带我回去！”
“欸？”
“欸？”
小霞和科拿二脸懵逼，怎么还能轮得到你个男人出来插一脚。但没等两人反对，娜姿就点了点头，抓住小绿的手臂，传送离开了这里。
“······”科拿一阵无语。
小霞立即拨通通讯器，问小智，他们那边到底怎么回事，用不用自己这些个馆主赶回去帮忙。结果小智只说：“不用了，你们待在那，呼吁大家将自己的宝可梦，放出来就行了。”
虽然不懂小智的意思，馆主们还是照办了。
站在洛奇亚身上的喵喵，像看虫子一样，看着下方的小智等人。它一挥手，用沙哑的声音说：“就先从这几个家伙开始好了，洛奇亚，黑暗爆破！”
面对洛奇亚近乎毁天灭地的攻击，小智目光如炬地看着眼前的一切，丝毫没有露出一丝畏惧的神色。他厉声喝道：“皮卡丘！”
“皮卡~丘~”