而小智的宝可梦们看到小智的归来，纷纷围了上来，小智拿出宝贝球，召唤出了喷火龙它们。喷火龙还有哈克龙，也和这些宝可梦，开心地一起玩耍。
大木坐在一张椅子上，说道：“看来，小绿已经告诉你了。”
“他说在紫苑镇的时候，你对我发火，是演给联盟看的。到底是怎么回事？”小智疑惑地问道。
“唉，那就好好和你说个清楚吧······”大木博士便苦口婆心地说起了这段时间，小智不知道的隐情。
从大木为了帮小智消除加入火箭队的罪行，而将化石翼龙交给了联盟，再到菊子扯破脸皮，想抢小智手中的急冻鸟，大木都是默默地帮小智摆平了不少事。
“······所以你知道了吧，我当时对你发火，只是想让你尽快离开紫苑镇。”大木一口气说了十几分钟，拿起旁边的水杯就猛地灌了一口。
小智沉思了片刻，说到：“这么说来······渡手上的那只化石翼龙，原来是我的宝可梦！”
“噗~”正在喝水的大木，一下子将水喷了出来，“听了这么多，你关心的只有这个吗？我默默为你做的努力呢？你知不知道我得知你加入火箭队的消息后，我有多紧张啊！为你忙前忙后，你却还在担心你的化石翼龙！”
“欸？抱歉抱歉，大木博士，我当时也是想不到其它办法了。”小智不好意思地挠了挠后脑勺，“不过，没想到联盟在拿到了我的化石翼龙之后，还是对我紧追不舍，真是烦人！”
“没办法，谁让你在那之后，又收服到了急冻鸟。不过······小智，你真的不介意吗，化石翼龙的事？”大木博士担心地问道。
“唔~把它丢给大木博士的时候，我也没有和它真正的彼此了解。而它在四天王渡那里，也还算是不错。总之，只要是对化石翼龙有益，就好了。”说这话的时候，小智有些落寞，但还是笑着说道。
看着小智的神情，大木心里不禁感慨：当初那个睡过头迟到的少年，现在也成长了不少啊。
“既然这样，大木博士，我也不再对你有所隐瞒了。其实不光急冻鸟······”小智伸手在背包里掏了掏，拿出了三枚黑色的高级球，“火焰鸟，闪电鸟也在我这里。”
“······”大木一时间说不出话，愣愣地走到桌子前，双手抓住桌角，一头撞在了桌子上。
“欸~大木博士你这是······”小智看傻眼了，大木博士这个年纪怎么还在那自残啊。
“没······没事，我只是强行冷静一下。”大木博士扶着桌子艰难地站着，鲜血从额头流出，顺着脸颊流了下来。
“那······三圣鸟？”
“嗯，召唤出来吧，我帮着看一下。”大木博士露出智慧的笑容。
“好的，闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟，大家都出来吧！”小智召唤出了三圣鸟。
而接下来的时间，小智都在和自己的宝可梦们玩耍，大木博士仔细的围着三圣鸟观察着，而小霞和小蓝，都在和娜娜美聊天，没有去打扰小智。
大木博士做梦也想不到，自己能够这么近距离的观察研究传说中的宝可梦。不过没过几分钟，三圣鸟就不乐意让大木观察了，各自飞到了研究所的各处，蜷着身子休息了。
大木博士只好用摄像机，将三圣鸟的影像都录下来，之后再慢慢研究。
“小智，既然拿到了八枚徽章，你也是要去冠军之路吗？”大木博士问道。
“嗯，我会通过冠军之路，然后击败四天王，成为宝可梦联盟的冠军。”小智咧嘴笑着说道。
“既然你和小绿一样做好了决定，那么我也就只能支持你了。不过我要提醒你，要去冠军之路一定要做好准备。那可不是去玩玩的地方。”大木博士继续说道，“而且，据我观察，此时的三圣鸟，已经因为伤势无法发挥出力量了，它们帮不了你。对于携带进入冠军之路的六只宝可梦，一定要好好选择。”
“嗯，我会慎重的选择的。”小智点了点头说道。
随后的一天，小智都在大木研究所，和宝可梦的玩耍中渡过。夜晚，他都也是和宝可梦们依偎在一起，哈克龙柔软的身体，被小智当枕头垫在头下，而傲娇的大针蜂也趴在小智的身边。小智仰面躺在柔软的草坪上，眺望着美丽的夜空。
这时喵喵的母亲，猫老大走了过来，躺在了小智旁边。“喵~”
小智扭头，看到是猫老大，说：“猫老大，你是在问我喵喵吗？”
猫老大点了点头。在这之前，小智已经将喵喵、凯罗斯还有嘎啦嘎啦离队的事，告诉了宝可梦们。猫老大也是知道了这件事。
还有作为凯罗斯的劲敌、好兄弟，飞天螳螂，也走了过来。“斯特莱~”
“放心好了，喵喵它们虽然有着自己的想法，绝对能照顾好自己的。要是可以的话，我还会试着把它们带回来的。”小智点了点头，肯定地说道。小智心中坚信，自己和喵喵它们会在某处再相见的。
而此时，在一艘通往七岛的货轮上，藏着四只宝可梦。分别是喵喵、凯罗斯、嘎啦嘎啦，还有老喵喵。
“老实点啊，你们三个。别被人发现了喵。不然就得游着去七岛了喵。”老喵喵打了个哈欠说。
喵喵它们三个离开了小智，加入到了宝可梦暴动大军。而在金黄市保卫战中，它们三个分到了进攻火箭队的MEGA耿鬼大军。
而随着超梦的落网，宝可梦大军的溃败，它们三个也被火箭队抓住了。而喵喵的父亲，这只老喵喵为了保住它们三个，就只能让它们跟在自己后面，执行火箭队的任务。
在这个过程中，喵喵明白了，当初在金黄市自己被老喵喵用爪子刺穿身体的原因了。
当时的老喵喵是故意没有命中要害，而是将喵喵打成重伤而不死的状态。这样的目的，就是为了保护喵喵，不被火箭队情报部门发现。