洪门防卫军，作为地方驻防部队，从洪门政府体系当中划分出来之后，接受新建立的军部直辖管理，在笨港和基隆两个重要城镇当中，各设立有一个军部分区，以两分部为核心囊括统辖大安镇、大兴镇、静浦镇等等城镇的地方防务。
而两个军分区当中，也可以对辐射范围内的几大洪堂军队进行管理，指挥，比如笨港军分区，可以指挥管理洪堂鲨部、豹部、狂鲨部，而基隆军分区则管辖鲸部、琉球水师部等。
洪门政府机构的镇长，以前可以说是洪门当地最大的领导者，如今经过了细化分割之后，出现了军分区长官、审判庭庭长这些可以跟他同堂而坐，地位不分高下的指挥层。
或许对于像章羽彦、甘大彪这样的镇长来说，是削弱了他们的权柄，但是对于整个洪门体系来说，却是细化了权责，让整个团体的权力分割更加合理，在李天养提前给甘大彪他们打过了招呼、做足了思想动员之后，却是很快便在洪门体系当中推行了起来。
相较于洪门立法会的从无到有，洪门'政府机构的权力分割其实反而更加容易一些，毕竟洪门政府体系原本就跟大明朝的官府机构还是有所不同，早年建立洪门政府的目的，除了是为了避免引起大明官府的反感之外，同时李天养也是想要在一开始建立一个更合乎洪门体系要求的领导机构。
而像审判庭这种需要专业知识更多的工作岗位，想要像立法会那样从大众当中招募，那肯定是不行的。
审判庭对于律法知识的掌控要求极高，在当前来说，几乎需要掌握整个大明所有律法的章程，以及洪门本身繁琐众多的操守章程，并能活学活用这样才能在审判当中做出公正严明的审判者，才有资格担任审判庭工作成员。
这种有着极强专业性的工作，对于很多团体来说，几乎是强人所难，但实际对于苦心经营了数十年的洪门而言，却未必是一件难事。
笨港学堂有着专门的律法学科，如今积攒的有关律法专业的学子就有上百人，洪门体系当中一直与时俱进，不断推陈出新的各种章程操守，绝大多数都是出自与他们之手，还有谁比这些洪门章程操守的制定者，更了解其中的初衷呢？
更别说，洪门在讼师方面同样有着不俗实力，不像大明朝延袭宋律一样，上诉者即便胜诉也要被罚，洪门对于支持鼓励百姓们动用合法手段，寻求法律帮助，使得讼师这一职业，在洪门当中蓬勃地发展着。
想要成为一个优秀的讼师，那么势必需要有敏锐的思维，以及熟练使用各种律法章程来为当事者辩解的能力，以其作为审判庭的工作职员，也是一个不错的选择。
当然，洪门体系当中还有几个特殊的存在，比如研发院，外卫和辖下的谍战所，却是暂时独立于新成立的各个部门之外，除了外卫和谍战所未来很可能会被军部给掌控以外，研发院却是会成为一个独立体，超然于洪门未来几大体系之外。
究其原因，却是因为在将一部分研发人才分配到了农科院、医科院等研发部门之后，研发院的工作内容，从一开始的五花八门，此后变得更加专精，也更加专业，他们研究的方向不是重要的军工体系，就是涉及到当时当代最顶尖的科学技术。
洪门的改革，在崇祯十四年二月十五日开始，拉起了帷幕，即便有着强大的技术储备、人才储备，数十年的基业支撑，可是真当开始变革起来之时，依旧有着无数的麻烦和绊脚石存在。
而相对的，洪门对于各个岗位成员的要求，除了大部分是由洪门内部直接安排以外，同时也面向洪门麾下庞大的人才当中招募，这既能将洪门当中游泳的人才给发掘出来，同时也让百姓和生活在洪门当中的人明白，其实他们也是有机会能够进入到洪门体系之中的。
当然，这样做还有一个更重要的功能，那就是激发百姓们自我学习，以及对于下一代子嗣们的教育培养，帮助洪门势力下的百姓们彻底脱离文盲，有着莫大的帮助。
整个崇祯十四年，李天养他们都在忙碌着改革洪门体系等这一件大事，而于此同时的大明朝中，也发生着各种各样的重大事情。
闯王李自成大军攻打长安城最终失利，被熊文灿率领河南、陕西等地之驻军决死一战下，终因队伍实力不济，功亏一篑。在损失了一部分军队，并被乘胜追击的熊文灿大军追赶之下，不得不暂避其缨，北上空虚布防的山西。
而受到洪门大本营的指示，何三江和白玉山两人却是设下计谋，所部军队大半由白玉山带领，与闯王李自成分开，东进河南，在河南地界当中游窜。
而何三江则带着小部分队伍，依旧跟随在李自成身边，相较与白玉山，何三江更加得到李自成的信任和重用，如今已是能跟刘宗敏、田见秀等一干老人相提并论的了。
何三江即便与白玉山大部分离，但是其兵力很快便恢复了过来，在有李自成的帮衬之下，很快何三江所部的军队也恢复到三万余人，规模仅次于李自成、刘宗敏、田见秀等军队。
杨嗣昌从朝廷述职归来之后，在四川加紧攻势阻击张献忠之游窜部队，数次大战均有小胜，随后经历了一场云阳大战，与原历史不同的是，此次大战大明军一举战败张献忠部，迫使对方逃出四川，至陕西却被熊文灿所部拦住去路。
衔尾追击的杨嗣昌一部，与熊文灿所部两相夹击，差一点便将张献忠本部大军所击溃，甚至围歼，却不成想原本意味北上山西的李自成大军杀了一个回马枪，兵逼长安，使得熊文灿手忙脚乱之际回军布阵之际，被张献忠逃出生天，溜到了安徽地界。
于此同时，明军十三万将士北上松山，欲解锦州之围，却被大军逼近的大清军队拦截住了松山、杏山粮道，幸得东江镇尚可喜等趁皇太极大军南下，在盛京腹地滋扰，清朝大军为镇压内部骚动，终归给了洪承畴机会，十三万大军终进锦州十万，三万折损。