粤军从广东进入闽地一百里，此时孙文在广东却一天也呆不下去了。
护法战争初期，面对当时北洋政府挥师南下的态势，陆荣廷表面上与孙中山的广州军政府合作，军政府当时也要面对军饷缺乏，人心涣散的境地，两派在广州便相安无事了一段短暂时期。待战事稍稳定，桂系与孙系的矛盾，便越发突出。
孙要扩展军政府势力，在广东到处征兵，陆荣廷曾对胡汉民多次提出抗议，军政府于是下令暂缓征兵，不过暗地里各地仍在继续。
1917年底，莫荣新下令各县，将孙系派出的征兵委员当做“土匪”一律枪毙。
12月初，更将军政府卫戍队连长和五十名新兵当作“土匪”处决，孙中山决定发动军事行动教训桂系。
大元帅要动手，可是谁来出兵？至少在法理上，莫荣新是合法的督军，何况莫荣新手里有兵权，观音山上有炮台，炮口正对着白鹅潭和大元帅府，真要打起来，涂炭的是城里的无辜平民。不过孙文主意已定，当时他能指挥得动的兵力并不多，一下想到了程璧光的海军舰艇。
程壁光是广州香山人，是孙文的老乡。年轻时程壁都考入了“福建船政学堂”，毕业后成为了海军军官。甲午海战的时候，程壁光带来三艘粤舰正好在天津出差，于是主动要求参战。程参加了中日海战的几次主要战事，并在战斗中负伤。然而他受的伤不仅如此。他见证了屈辱的时刻，他带来的三艘舰最终两沉一俘，自己甚至不得不亲自击沉搁浅的靖远号。
程壁光带着愤恨，回到了广东。并加入了兴中会。兴中会发动广州起义，失败后程壁光逃到了南洋。
1896年，李鸿章去欧洲途径槟榔屿的时候，程壁光拜见了这位主管过海军的上司。李鸿章对这位海军军官在甲午之役的表现格外欣赏，邀请他回国参与重建海军，程壁光于是回到了国内，后从管带一路升迁，直至担任了巡洋舰队的司令。
辛亥革命前夕，程壁光带领着海军远洋舰队的海圻号，开始了中国现代海军史以来第一次远洋。他带领舰船。从上海。途经印度洋。红海，地中海到达英国，参加了英皇乔治五世加冕仪式。后又经美国、古巴等国回国。
当时古巴、墨西哥等国正在排华。海圻号的到来，让古巴总统表示：“古巴军民决不会歧视华侨。”
墨西哥政府则就排华事件向清政府赔礼道歉，偿付受害侨民生命财产损失。
在回国的路上，辛亥革命的消息传到了舰上。程壁光召集全体官兵表决，结果一致支持革命。
1911年12月，程壁光还没有回到国内，就被在上海聚集的起义海军代表们投票选举为革命政府的海军总长。
海军是辛亥革命和民国初期的重要军事力量，是第一支倒戈参加武昌起义的主要官方武装。没有海军的加入，武昌军政府在清军大举进攻之下，是支持不了多久的。
孙文认为。程壁光是广东人，又是自己年轻时的好友，应该不会阻止自己的计划的。但是孙文错了，此时，湘桂联军正在湖南战场和北洋军激战，程壁光反对此时护法阵营内有任何的冲突。
孙文决定炮轰广州城内的督军府，他要求程壁光部海军向广州开炮。程壁光火了，说道，我是来护法的，不是来参与你和桂系之间的纠葛的，作为广东人，应该是维护广州市民的安全，怎么能炮轰广州城？
程壁光知道，孙文可能会直接对舰长发布命令。于是，下令各舰戒严，不准任何船只靠近。
没多久，孙文的侄子孙振兴企图接近军舰的时候，遭到了炮击。
孙振兴受伤后不久身亡，这让孙文更是怒不可遏。
1918年1月3日，孙文宴请同安、豫章两舰舰长，一通酒水下去，这两人乱醉如泥了。孙中山把反对自己举动的部属暂扣，和自己其他的亲信，带着这两人上了军舰，要他们下令炮轰广州城内的督军府。两个舰长当然犹豫，孙中山于是亲自点火开炮，其他火炮也相继开火。
广州城居民尚在残冬的梦中酣睡，忽然，一声声震耳欲聋的炮声，划破寒风，惊醒了全城居民，炮声持续了两个小时，依稀还夹杂着零星的机关枪声音。循声看去，炮声是从城外白鹅潭上的军舰发射出来，炮弹越过古城上空，射向观音山上的督军府。
观音山上督军府里，住着新任广东督军莫荣新，他属于桂系陆荣廷的心腹。
广州城内的桂军没有反击，而是任由孙文的大炮轰击，反正也没有几发炮弹击中督军府，死的都是广州城内的百姓。
程壁光在炮轰广州事件中非常愤怒，但他不好拿孙中山怎么办，只好撤掉了两舰舰长的职务，并坚决表示不准海军介入各派军事冲突中去。
1918年2月26日，程壁光坐船在广州海珠码头上岸，突然遭到两名杀手对其胸口开枪，程壁光在大呼抓住他之后，当场身亡。
程壁光是谁暗杀的？成为了疑案，首先义愤填膺的是孙文。他指责是桂系派人杀害了程壁光。孙文以海陆军大元帅名义签署《通告程璧光被刺逝世讣电》,对程壁光进行了高度评价。
国会非常会议一致议决为程壁光举行国葬典礼,以酬殊勋,而慰英灵。
护法阵营的各界对程壁光的被害都十分愤慨，要求严查凶手，军政府也决心严办此案。
护法政府还没散呢，就自己打起来了，段祺瑞那个高兴啊。支持孙中山的一些人也非常不满，至于那些南下护法的议员、政客也无法接受这样的内讧。
很快，护法各省在广州召开“护法各省联合会议”，这个会议实质上取代了孙中山的军政府，毕竟他们才真正代表了护法派的各路人马的利益，这包括了滇系、桂系，相对独立的黔系、湘系、海军，还包括一批国民党稳健派。
孙文到广东是来护法的，但法却不护他。他在广州被军人排挤也就罢了，现在却连法律的化身议员们也不支持他。留在广东剩下的唯有耻辱，于是孙文在胡汉民、朱执信的陪同下，离开广州登上北上的航船。
好在孙文并没有输到家，因为此次广州之行毕竟收获了一支部队。在归沪途中，孙文惦记着这支部队，于是特意在汕头弃船登岸，启程到大埔三河坝粤军总司令部视察。因为心疼年轻的宋庆龄，乃让她坐船先行回沪，自己只带着胡汉民和朱执信随行。
三河坝，距梅州140里，距大埔县城30多里，汀江、梅江、海潭河三水在这里汇成韩江，自古以来就是粤东水路交通要冲，兵家必争之地。
听说孙文要来，陈炯明和蒋志清等人出城迎接，许崇智正率部猛攻永定，未及与会。
时至中午，众人仍不见孙文一行的影子。蒋志清心中焦躁，向陈炯明说道：“我到前面看看！”
未待陈炯明回话，蒋志清打马便行。
蒋志清沿着官道急奔了二十余里，远远望见三个人影正踯躅而来，居中的正是孙文。
蒋志清见孙文容颜憔悴，步履蹒跚，眼泪刷地流了下来，翻鞍下马，上前握住孙文的手：“先生……”
孙文见蒋志清如此模样，于是笑道：“大男人哭什么?我们三人看天光还早，就没叫滑竿，一是省俩钱，二是也好沿途看看风光。”
蒋志清抹了把眼泪，把缰绳递给孙文：“请先生上马！”
孙文接过缰绳，也不多言，认镫翻鞍，缓辔而行。
蒋志清与胡汉民、朱执信紧跟其后。